Согласно Приказа 605 МВД РФ, ссылаясь на  пункт 24. Государственная услуга не предоставляется по следующим основаниям:
"...обнаружение признаков скрытия, подделки, изменения, уничтожения идентификационной маркировки, нанесенной на транспортные средства организациями-изготовителями, либо подделки представленных документов, несоответствия транспортных средств и номерных агрегатов сведениям, указанным в представленных документах, или регистрационным данным, а также при наличии сведений о нахождении транспортных средств, номерных агрегатов в розыске или представленных документов в числе утраченных (похищенных);..."

Конечно, в данном случае подразумевалось криминальное изменение... но ГИБДД трактует дословно - изменение и все. И если коррозия "съела" хоть один знак VIN номера на Вашем авто, это изменения, и как следствие - отказ в регистрационных услугах.

Что делать:
1. Можно обжаловать такую трактовку в суде... но и суды бывает, что по разному трактуют этот пункт...
2. Попытаться восстановить (при возможности) ржавый участок.
На шасси или кузове делаете ванночку из пластилина и заполняете ее преобразователем ржавчины, чтобы жидкость покрывала весь пораженный участок. Менять жидкость желательно чаще и протирать волосяной кистью (не металлической щеткой, а именно - кистью)... За двое-трое суток и десяти-пятнадцати смен жидкости, Ваш почти утраченный номер, станет как новый. Здесь главное набраться терпения и соблюдать технологию.

Если же ржавчина сквозная - никак не помочь... смириться и продолжать эксплуатацию... или утилизировать.

Кто знает еще какие-то способы (исключая криминал - набивку...), интересно было бы послушать...